Отслеживать шествие гриппа по планете теперь можно через Интернет

В Университете штата Огайо разработан новый метод отслеживания распространения вирусных инфекций. Он основан на сборе и анализе генетической информации штаммов заболевания со всего мира, и главное — на беспрецедентном по масштабу уровне обработки этих данных. На сегодня специалисты испробовали методику в рамках программы по изучению штаммов птичьего гриппа и оперативного визуального отображения их движения в различных регионах. Предполагается, что эта модель поможет ученым прогнозировать географию и закономерности распространения пандемии вируса свиного гриппа.

Строительная доска объявлений - доска бесплатных объявлений. Меняю шило на мыло.

Для того чтобы проанализировать огромное количество генетических данных всех штаммов вируса птичьего гриппа (H5N1), ученые задействовали вычислительные мощности суперкомпьютерного центра штата Огайо. Затем ими было создано веб-приложение в Google Earth, позволяющее чиновникам от здравоохранения и общественности наглядно увидеть, каким образом вирус распространялся по планете. По словам американских ученых, на сегодня это наиболее полная карта, показывающая, как именно вирус распространялся по Азии, Африке, Европе...

«Изучив огромные объемы данных, мы сделали простую визуализацию, позволяющую интернет-пользователям выбрать то, что они хотят увидеть, — говорит руководитель исследования Дэниэл Дженис. — В соз­данной виртуальной среде люди могут получить информацию о гриппе в интересующих их областях с учетом специфики каждого региона мира. В результате тем же эпидемиологам мы можем помочь определить, как именно вирус гриппа передавался из точки А в точку Б. Это позволит улучшить меры противодействия и в конечном итоге самочувствие людей в глобальном масштабе».

В основе метода кропотливый сбор информации о геномах всех известных штаммов вируса. Вспышка птичьего гриппа в Гонконге в 1997 году подтолкнула научное сообщество к тщательному его изучению именно в этом направлении. Тогда исследователи сосредоточились на изучении двух генов, в рамках которых мутировал вирус и которые, как считается, имели наибольшее влияние на поведение H5N1. Это гемагглютинин, который производит белок, распознающий рецепторы здоровых клеток и нейраминидаза, фермента, который помогает вирусу избегать одни клетки и проникать в другие. Изучая последовательности первого и второго генов ранее, биологи выстраивали так называемые филогенетические деревья, прослеживающие эволюционные взаимоотношения между штаммами, которые имеют общего предка.

Исследователи же из Огайо в рамках своего проекта при помощи суперкомпьютера отобрали тысячи деревьев, демонстрирующих взаимоотношения между вариантами генов-мутантов. Эти данные легли в основу интерактивной карты, отслеживающей генетику, географию и эволюционную историю птичьего гриппа на протяжении более 12 лет.

Во избежание сложной для восприятия карты, по которой были бы, как спагетти, разбросаны линии распространения вирусов, Дэниэл Дженис и его коллеги максимально упростили условные обозначения. Зеленые линии показывают пути передачи, в которых ученые уверены на 100%, желтые — в которых менее уверены. Пользователи могут искать и находить конкретные пути передачи вируса.

Интересно, что метод уже применяется для изучения гриппа H1N1, поразившего миллионы людей в Соединенных Штатах. И на сегодня по адресу http://routemap.osu.edu/ уже можно увидеть, как свиной грипп распространялся из Соединенных Штатов по всему миру.

По сравнению с птичьим гриппом это движение имеет совершенно другую  динамику, поскольку H1N1 переносится людьми, в том чиcле живущими в мегаполисах. При этом, по словам ученых, этот вирус, распространившийся по всему миру в течение нескольких месяцев, генетически все еще очень похож на своих предков. Птичий же грипп распространялся по Азии, Европе и Африке более десяти лет, но и сильно мутировал на этом пути. И хотя H1N1 распространился более  быстро, по словам ученых из Огайо, он гораздо менее опасен для людей.

Источник: РБКdaily.